สถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มีรากฐานจากการจัดตั้งจากผลการพัฒนาที่ต่อเนื่องมาจากภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล และสถานีวิจัยวิทยาศาสตร์ทางทะเลและศูนย์ฝึกนิสิต เกาะสีชัง โดยมีเหตุผลและความเป็นมา ดังรายละเอียดต่อไปนี้ สืบเนื่องจากเมื่อประมาณปี พ.ศ. ๒๕๐๐ได้มีการจัดการประชุม Pacific Science Congress ขึ้นในประเทศไทยที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ซึ่งในการประชุมดังกล่าวประเด็นด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเลได้ถูกหยิบยกมาเป็นหัวข้อสำคัญอย่างหนึ่งในการหารือ แต่อย่างไรก็ตามพบว่าขณะนั้นยังไม่มีการเรียนการสอนด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเลในภูมิภาคนี้แต่อย่างใด ต่อมา UNESCO จึงได้กระตุ้นผ่านคณะกรรมการวิทยาศาสตร์ทางทะเลแห่งชาติ ไปยังคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติซึ่งเป็นสมาชิกของ Pacific Science Congress ให้เสนอไปยังรัฐบาลเพื่อให้มีการเปิดสอนด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเลขึ้นในประเทศไทย โดยเบื้องต้นได้เลือกจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยและมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ซึ่งมีความพร้อมในสาขาที่แตกต่างกัน เพื่อเป็นจุดเริ่มต้นของการเรียนการสอนทางด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเลในภูมิภาคนี้
ต่อมาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยและมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้จัดทำโครงการเสนอไปและได้รับอนุมติให้ดำเนินการจากสภาการศึกษาซึ่งเป็นผู้ดูแลการจัดการศึกษาของประเทศในขณะนั้น ทั้งนี้โดยให้เป็นไปตามหลักการสำคัญกล่าวคือ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ให้เน้นการสอนไปทางด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเล การประมง (fishery) ส่วนจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เน้นการสอนทางด้านวิทยาศาสตร์ (science) ซึ่งไม่ซ้ำซ้อนกัน แต่อย่างไรก็ตามเพื่อให้สามารถดำเนินการได้อย่างมีประสิทธิภาพมากที่สุด จึงให้ทั้ง ๒ หน่วยงานสามารถแลกเปลี่ยนบุคลากรในสาขาที่ต้องการแต่ยังไม่มีร่วมกันได้อีกด้วย แม้ต่อมาทางจุฬาฯ จะมีการเปิดสอนทางด้าน fishery ร่วมด้วย แต่ก็ไม่ซ้ำซ้อนกัน เนื่องจากจุฬาฯ จะเน้นสอน fishery ที่เป็น commercial แต่ ม.เกษตร จะเน้น fishery ที่เป็น sciencevทั้งนี้ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้ก่อตั้ง ภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล ขึ้นในปี พ.ศ. ๒๕๑๑ โดยอยู่ในสังกัดคณะวิทยาศาสตร์ และได้เปิดการเรียนการสอนในเวลาต่อมา
สำหรับในด้านการจัดการเรียนการสอน นอกจากการเรียนในห้องเรียนแล้ว ยังมุ่งเน้นให้นิสิตได้เรียนรู้และมีประสบการณ์ปฏิบัติงานจริงในภาคสนามในทุกขั้นตอน เป็นต้นว่า มีการเช่าเรือนำนิสิตออกภาคสนามเพื่อสำรวจข้อมูลทางสมุทรศาสตร์และนิเวศวิทยาในท้องทะเลและตามเกาะแก่งต่างๆ ทั่วประเทศ รวมตลอดถึงการเข้าร่วมการออกเรือปฏิบัติการในการสำรวจน่านน้ำของกรมอุทกศาสตร์ กองทัพเรือ และการสำรวจแหล่งทรัพยากรประมงของกองประมงทะเล กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เป็นต้น
นอกจากนี้เมื่อมีนิสิตเข้ามาเรียนมากขึ้นและได้มีการเปิดสอนในระดับบัณฑิตศึกษาร่วมด้วย ทางภาควิชาฯ จึงต้องการมีสถานีวิจัยเพื่อให้เป็นที่สำหรับฝึกปฏิบัติการและทำงานวิจัยของอาจารย์และนิสิตดังกล่าว โดยเบื้องต้นได้เริ่มเปิดดำเนินการที่อ่างศิลาก่อน แต่อย่างไรก็ตามต่อมาพบว่าสถานีวิจัยสัตว์ทะเลอ่างศิลาซึ่งมีพื้นที่ตั้งอยู่ในบริเวณชายทะเลนั้นเหมาะแก่การศึกษาทางด้านชายฝั่งทะเลและป่าชายเลนเท่านั้น นอกจากนี้พื้นที่ยังค่อนข้างคับแคบและมีปัญหาในด้านอาณาเขตโดยมีประชาชนรุกล้ำเข้ามาบ่อยครั้ง รวมทั้งยังมีปัญหามลพิษจากสะพานปลาบริเวณข้างเคียงอีกด้วย
การก่อตั้ง สถานีวิจัยฯ เกาะสีชัง เป็นผลต่อมาอันเนื่องมาจากทางภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเลยังต้องการพื้นที่อีกสักแห่งหนึ่งในทะเลที่ไม่ห่างจากกรุงเทพฯ มากนัก โดยเลือกพื้นที่ซึ่งมีน้ำทะเลสะอาดปราศจากมลพิษ และมีบริเวณที่ค่อนข้างเป็นเอกเทศ เพื่อใช้เป็น สถานีทดลองวิจัยด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเล เป็นสำคัญ ทั้งนี้ ดร.ทวีศักดิ์ ปิยะกาญจน์ หัวหน้าภาควิชาฯ ในขณะนั้น และผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.สุรพล สุดารา ได้ใช้เวลาในช่วงของการนำนิสิตออกฝึกภาคสนามทางทะเล ในระหว่างปี พ.ศ. ๒๕๑๒-๑๕๑๓ ทำการสำรวจและจัดหาสถานที่ที่เหมาะสม และในครั้งหนึ่งของการฝึกภาคสนามโดยเรือของกองสำรวจแหล่งประมงในน่านน้ำไทย กรมประมง วันสุดท้ายก่อนที่เรือสำรวจจะกลับเข้ากรุงเทพฯ จึงได้มีการแวะที่เกาะสีชัง และในการสำรวจครั้งนั้นได้ไปพบว่าพื้นที่บริเวณปลายแหลมวังมีความเหมาะสมมาก แต่มีปัญหาคือบริเวณดังกล่าวมีหน่วยงานราชการซึ่งเป็นผู้ครอบครองอยู่โดยมีสิ่งปลูกสร้างและบ้านพักของข้าราชการของ ๒ หน่วยงานดังกล่าวอยู่แล้ว คือ สถานกักกันเยาวชน กระทรวงมหาดไทยและบ้านพักข้าราชการของกรมไปรษณีย์โทรเลข
ต่อมาหลังจากการเจรจาในเบื้องต้นกรมไปรษณีย์โทรเลขยินยอมที่จะยกพื้นที่ดังกล่าวให้แต่ทางกระทรวงมหาดไทยได้ขอต่อรองเพื่อแลกเปลี่ยนพื้นที่ดังกล่าวกับที่ดินของจุฬาฯ ที่อำเภอแม่ริม จังหวัดเชียงใหม่ ซึ่งก็คือค่ายดารารัศมีในปัจจุบัน จากนั้นภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล ได้ทำหนังสือถึงจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เพื่อให้ความเห็นชอบตามข้อเสนอดังกล่าว และในที่สุดก็ได้ข้อสรุปคือ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยต้องเสียพื้นที่ที่อำเภอแม่ริม จังหวัดเชียงใหม่ เพื่อแลกกับพื้นที่เกาะสีชังในบริเวณดังกล่าว และในวันที่ ๑๓ ธันวาคม ๒๕๑๕ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้ทำหนังสือถึงกรมธนารักษ์ กระทรวงการคลัง เพื่อขออนุญาตใช้ที่ดินบริเวณแหลมท่าวัง ตำบลเทววงษ์ (ท่าอัษฎางค์) กิ่งอำเภอเกาะสีชัง จังหวัดชลบุรี ซึ่งรวมถึงพื้นที่ซึ่งเป็นบริเวณเขตพระราชวังเดิมของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (พระจุฑาธุชราชฐาน) เนื้อที่รวม ๒๒๔ ไร่ ๒ งาน ๕ ตารางวา โดยกรมธนารักษ์ได้มอบกรรมสิทธิ์การใช้ที่ดินให้กับจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ ๒๗ มกราคม พ.ศ. ๒๕๒๑ และต่อมาในปี ๒๕๒๒ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยจึงได้จัดตั้งโครงการ “สถานีวิจัยวิทยาศาสตร์ทางทะเลและศูนย์ฝึกนิสิต เกาะสีชัง (Sichang Marine Science Research and Training Station: SMaRT) ขึ้นโดยเป็นส่วนราชการในสังกัดของฝ่ายวิจัย จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ตั้งอยู่ที่บริเวณส่วนหน้าของพระจุฑาธุชราชฐาน ตำบลท่าเทววงษ์ กิ่งอำเภอเกาะสีชัง (สถานภาพในขณะนั้น) จังหวัดชลบุรี โดยมีเหตุผลความจำเป็นในการจัดตั้งสถานีวิจัยฯ ดังกล่าวหลายประการ ทั้งทางด้านเศรษฐกิจ สังคม และการศึกษา โดยเฉพาะอย่างยิ่งคือการลดลงของปริมาณและคุณภาพทรัพยากรธรรมชาติทางทะเล และการขาดแคลนสถานีวิจัยทางวิทยาศาสตร์ทางทะเลและศูนย์ฝึกนิสิต อันเป็นปัจจัยที่สำคัญอย่างยิ่งต่อการศึกษาและวิจัยขั้นอุดมศึกษา การเป็นให้สถานที่บริการทางวิชาการและให้ความช่วยเหลือแก่ชุมชนบนเกาะสีชังและบริเวณใกล้เคียง รวมตลอดถึงการอนุรักษ์และทำนุบำรุงโบราณสถานอันมีความสำคัญทางประวัติศาสตร์และศิลปวัฒนธรรมของชาติในบริเวณเกาะสีชังอีกด้วย
โดยต่อมาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้เล็งเห็นความสำคัญของทรัพยากรทางน้ำและบทบาทที่เพิ่มขึ้นทางเศรษฐกิจและการพัฒนาประเทศ จึงได้กำหนดนโยบายการวิจัยทางด้านนี้เพิ่มมากขึ้นและได้กลายเป็นภารกิจหลักของสถานีวิจัยฯ เกาะสีชัง ที่ควบคู่ไปกับกระบวนการเรียนการสอนทั้งระดับปริญญาตรีและบัณฑิตศึกษาของภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล ทั้งนี้การดำเนินงานและการศึกษาวิจัยด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเลในระยะที่ผ่านมาดังกล่าว ได้มีบทบาทสำคัญต่อความก้าวหน้าทางวิชาการด้านทรัพยากรและระบบนิเวศทางทะเล รวมถึงการแก้ปัญหาความเสื่อมโทรมและการอนุรักษ์ทรัพยากรสำคัญของประเทศหลายประการ
โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงปลายปี พ.ศ. ๒๕๒๕ ซึ่งมีปัญหาโรคระบาดปลาน้ำจืดขั้นรุนแรง ซึ่งมหาวิทยาลัยได้จัดตั้งคณะกรรมการเฉพาะกิจขึ้นเพื่อศึกษาและวิจัยปัญหาดังกล่าวอย่างเร่งด่วน และได้แปรสภาพเป็นคณะกรรมการปฏิบัติภารกิจวิจัยทรัพยากรสิ่งมีชีวิตทางน้ำในเวลาต่อมา
รวมตลอดถึงโครงการความร่วมมือในการศึกษาวิจัยและแลกเปลี่ยนนักวิชาการตามบันทึกข้อตกลงที่ทำร่วมกับ University of the Ryukyus และ Sesoko Station ประเทศญี่ปุ่นในช่วงปี พ.ศ. ๒๕๒๔ - ๒๕๒๙ อันเป็นกิจกรรมการวิจัยและสำรวจแนวปะการังครั้งสำคัญอันดับต้นๆ ของเมืองไทย รวมทั้งได้มีส่วนสร้างนักวิชาการด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเลที่มีบทบาทสำคัญของประเทศ และมีผลงานวิชาการตีพิมพ์เป็นที่ยอมรับทั้งในระดับชาติและนานาชาติจำนวนมาก ด้วยบทบาทและความสำคัญที่เพิ่มขึ้นดังกล่าว
ในระยะต่อมาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยจึงมีโครงการที่จะจัดตั้งสถาบันวิจัยแห่งหนึ่งขึ้นมา เพื่อประสานงานในการศึกษาและวิจัยด้านทรัพยากรทางน้ำของมหาวิทยาลัย โดยจะอาศัยทรัพยากรทางด้านงบประมาณ บุคลากร อุปกรณ์และสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ ของสถานีวิจัยวิทยาศาสตร์ทางทะเลและศูนย์ฝึกนิสิต เกาะสีชัง ที่มีอยู่แล้วเป็นหลักและในระยะต่อมา “สถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำ (Aquatic Resources Research Institute: ARRI)” ได้จัดตั้งขึ้นโดยพระราชกฤษฎีกาตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๒๖ เมษายน ๒๕๓๔ โดยเบื้องต้นได้ใช้ที่ทำการชั่วคราวซึ่งตั้งอยู่ในบริเวณภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล คณะวิทยาศาสตร์ และต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๓๖ สถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำก็ได้ย้ายมายังที่ทำการใหม่ในกลุ่มอาคารสถาบันวิจัยตามความต้องการของมหาวิทยาลัย โดยได้บริหารจัดการและดำเนินงานวิจัยตามพันธกิจและแนวนโยบายที่วางไว้มีความก้าวหน้าเรื่อยมาเป็นลำดับ
ปัจจุบัน สถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ตั้งอยู่ที่อาคารสถาบัน ๓ ชั้น ๙ ถ.พญาไท แขวงวังใหม่ เขตปทุมวัน กรุงเทพมหานคร โดยมี สถานีวิจัยวิทยาศาสตร์ทางทะเลและศูนย์ฝึกนิสิต เกาะสีชัง เป็นหน่วยปฏิบัติงานวิจัยหลัก ซึ่งมีสิ่งอำนวยความสะดวกอย่างเพียงพอในการศึกษาวิจัยของนักวิจัย คณาจารย์ และนิสิตระดับปริญญาตรีและบัณฑิตศึกษา รวมทั้งยังอำนวยความสะดวกในการฝึกอบรมและการบริการวิชาการที่เกี่ยวข้องต่างๆ ให้แก่นิสิตและบุคคลทั่วไป โดยมี ศูนย์ฝึกอบรมและสัมมนา ซึ่งเปิดบริการมาตั้งแต่เดือนมกราคม ๒๕๔๑ สามารถรองรับผู้เข้าร่วมฝึกอบรมและสัมมนาได้จำนวน ๘๐ คน และมี พิพิธภัณฑ์ชลทัศนสถาน ซึ่งเป็นพิพิธภัณฑ์ธรรมชาติทางทะเลของเกาะสีชัง
